Чернівецький університет засновано з нагоди 100-річчя приєднання Буковини до Австрії.

Перші природничі кафедри у складі філософського факультету створені 23 липня 1876 року. Викладання математичних дисциплін розпочалося в 1876 році на філософському факультеті університету. У 1883-1886 роках посаду надзвичайного професором математики в університеті займав Адольф Міготі(1850-1886), який займався застосуванням теорії чисел до вивчення кривих і площ та теорією диференціальних рівнянь. В 1923 році філософський факультет поділений на філософсько-філологічний і науково-природничий. На останньому тоді створено кафедри алгебри й теорії функцій, аналітичної та вищої геометрії, диференціального й інтегрального числення. У 1940 році утворено фізико-математичний факультет, де було відділення математики з кафедрами алгебри й геометрії та математичного аналізу. Першим деканом фізико-математичного факультету з 1940 року був С.В.Трохименко.

Після значного збільшення факультету його в 1968 році поділено на фізичний і математичний.

У 2004 році математичний факультет поділений на факультет комп'ютерних наук та математичтий факультет, який рішенням вченої ради університету від 3 червня 2004р. було переіменовано на факультет прикладної математики. До складу факультету увійшли кафедри алгебри та інформатики (колишня назва - алгебри та геометрії), диференціальних рівнянь, математичного аналізу, математичного моделювання і прикладної математики (колишня назва - прикладної математики та механіки).
Тепер на факультеті діє 7 кафедр, а також 6 лабораторій, які забезпечені сучасною комп'ютерною технікою.